Даешь больше "-омов" хороших и разных?

Ни для кого, кто хоть чуточку следит за развитием науки, не станет откровением, что за последние двадцать лет развелось огромное количество "-омов" и соответсвующих им "-омик". И если некоторые из них прижились в науке довольно давно (геном), и многие вполне логичны (протеом, транскриптом), то огромное количество новообразованных "-омов" не имеет права на существование, так как для этого уже есть устоявшийся термин. Порой складывается ощущение, что "-ом" добавляется только ради того, чтобы подчеркнуть, что данная группа занимается современными и перспективными исследованиями.

В сегодняшнем выпуске Nature на суд общественности представлены еще 5 "-омов":

Как корейские ученые склонили клетки к самоубийству при помощи магнитного поля

апоптоз раковой клетки (source: JHSPH)

Не так давно в этом блоге уже описывались экзотические способы управления процессами в клетке, сегодня расскажу про еще один такой способ. Если в предыдущем случае учёные открывали и закрывали каналы и меняли уровень транскрипции гена, то в это раз уже другая группа вызывала апоптоз (разновидность запрограммированной клеточной гибели) в клетках при помощи магнитного поля. Как же им это удалось?

Как я вспоминал статистику с Coursera

Начну с того, что статистику и её сестру биометрию я проходил (именно проходил) очень давно. С тех пор я успеил основательно забыть даже то, чему меня в свое время научили. В повседневной практике всем достаточно старого доброго t-теста Стьюдента, но времена, похоже, меняются и биологу в скором времени (да, и сейчас) тоже неплохо разбираться в статистическом анализе. В этом плане мне показалось, что курс Statistics One с профессором Andrew Conway из Принстонского университета пришелся как нельзя кстати.

История Нобелевского лауреата Синья Яманака и фаворитизм научных изданий в пользу американских авторов.

Джон Гердон и Синья Яманака. Фото: ИТАР-ТАСС, АР

После получения Нобелевской премии имя профессора Яманака снова попало на страницы всех научных и новостных изданий, но в основном это описание его успехов в области стволовых клеток. Но есть одна сторона истории, о которой предпочитают умалчивать. 

В 2010 году New Scientist (The Stem Cells Wars, pdf) проанализировал более 200 публикаций в области стволовых клеток, датированных позднее 2006 года, и пришел к выводу, что известные научные издания "покровительствуют" американским ученым. Среди прочих приведен пример работы Яманака, публикация котораой была отложена редакцией Nature на 295(!) дней. И в последствие была опубликована одновременно с работами американских исследователей.

“All's fair in love and war, they say, but science is supposed to obey more noble ideals. New findings are submitted for publication, the studies are farmed out to experts for objective 'peer review' and the best research appears promptly in the most prestigious journals. 

“Some stem cell biologists are crying foul, however. Last year(2009), 14 researchers in this notoriously competitive field wrote to leading journals complaining of "unreasonable or obstructive reviews". The result, they claimed, is that 'publication of truly original findings may be delayed or rejected.' 

“Triggered by this protest, New Scientist scrutinised the dynamics of publication in the most exciting and competitive area of stem cell research, in which cells are 'reprogrammed' to acquire the versatility of those of an early-stage embryo. In this fast-moving field, where a Nobel prize is arguably at stake, biologists are racing feverishly to publish their findings in top journals. 

“Our analysis of more than 200 research papers from 2006 onwards reveals that US-based scientists are enjoying a significant advantage, getting their papers published faster and in more prominent journals (find our data, methods and analyses here). 

“More mysterious, given his standing in the field, is why two of Yamanaka's papers were among the 10 with the longest lags. In the most delayed of all, Yamanaka reported that the tumour-suppressing gene p53 inhibits the formation of iPS cells. The paper took 295 days to be accepted. It was eventually published by Nature in August 2009 alongside four similar studies. 'Yamanaka's paper was submitted months before any of the others,' complains Austin Smith at the University of Cambridge, UK, who coordinated the letter sent to leading journals. 

“Yamanaka suggests that editors may be less excited by papers from non-US scientists, but may change their minds when they receive similar work from leading labs in the US. In this case, Hochedlinger submitted a paper similar to Yamanaka's, but nearly six months after him. Ritu Dhand, Nature's chief biology editor, says that each paper is assessed on its own merits. Hochedlinger says he was unaware of Yamanaka's research on p53 before publication.”

По материалам  California Stem Cell Report

Серия подкастов по иммуногенетике.

По следам конференции по иммуногеномике (Nature Immunogenomics), проходившей в Нантсвиле, штат Алабама на прошлой неделе, университет Алабамы-Бирмингем запустил серию подкастов по этой теме. 

На прошлой неделе вышел подкаст с  директором центра клинической иммунологии и ревматологии Университета Алабамы-Бирмингем Луи Бриджесом (S. Louis Bridges). На этой неделе в пятницу выйдет интервью с человеком, стоявшим у истоков иммуногенетики Стивеном Куейком  (Stephen Quake).

1 неделя - Луи Бриджес (S. Louis Bridges), директор центра клинической иммунологии и ревматологии Университета Алабамы-Бирмингем

2 неделя -  Стивен Куейк (Stephen Quake), профессор факультета биоинженерии в Стэнфордском университете

3 неделя -  Кейси Уивер  (Casey Weaver), профессор факультета патологии  Университета Алабамы-Бирмингем

4 неделя -  Роберт Плендж (Robert Plenge), профессор Гарвардского Университета, директор подразделения генетики и геномики в отделении ревматологии, иммунологии и аллергии в  Brigham and Women’s Hospital.

Интересная серия статей про клеточную и тканевую инженерию в The New York Times

искусственная трахея. Source: Harvard Bioscience via Time.com

На прошедшей неделе The New York Times  опубликовала серию из трех статей "Bodybuilders" о новейших достижениях в сфере клеточной и тканевой инженерии. Несмотря на то, что многие издания описывают их как материалы о стволовых клетках, очевидно, что автор и большинство исследователей и докторой, интервью с которыми приведены в статье, хотели донести совсем другую мысль. Они прежде всего акцентируют внимание на внеклеточном матриксе, который помимо структурно-механической функции выполняет еще и очень важную сигнальную функцию: "дайте организму правильный матрикс, а стволовые клетки сами придут и сделают новые здоровые ткани".

Coursera: еще больше университетов, еще больше курсов!

коллаж скриншотов с coursera.org

Coursera развивается бешеными темпами: только два месяца назад стали доступны курсы от 12 университетов, включая ВУЗы за пределами США, количество предлагаемых курсов перевалило за 120. Сегодня к проекту присоединились еще 17 университетов, среди которых университеты из Ivy League: Колумбийский университет (Columbia University) , Брауновский университет (Brown University). Кроме того заметно, что не только американские университеты видят будущее в Coursera, на этот раз к список пополнился университетами Мельбурна (University of Melbourne), Лондона (University of London), Еврейским университетом в Иерусалиме (Hebrew University of Jerusalem) и Гонг-Конгским научно-технологическим университетом (Hong Kong University of Science and Technology).

В патентном законодательстве США грядут очередные изменения.

Image credit:  http://v0nlaine.taba.ru/news

Прошел год с момента подписания America Invents Act - закона призванного реформировать патентное законодательство США. Но не смотря на большие ожидания и фанфары со всех сторон, в нем совершенно не затрагивались две огромные проблемы, с которыми столкнулись высокотехнологические компании: "патентные тролли" и патентование программного обеспечения. 

В августе Питер Дефацио (Peter DeFazio) и Джейсон Чаффетц (Jason Chaffetz) предложили незначительное изменение текущего законодательства в форме нового законопроекта Saving High-tech Innovators from Egregious Legal Disputes (SHIELD) Act, призванного прежде всего защитить компании от нападок патентных троллей. В соответствие с ним компании, производящие программное обеспечение и оборудование, могут полностью возместить судебные издержки в случае, если будет установлено, что подавший в суд держатель патента (ов) не имел "разумных шансов успеха на рынке".

Как я постигал основы фармакологии с Coursera

Многие, наверное, уже наслышаны про проект Coursera, который предлагает лекции известных университетов бесплатно. Меня он заинтересовал еще в апреле, но проблема была в том, что курсов по интересующим меня темам на тот момент было мало. Поэтому когда, Пенсильванский университет (University of Pennsylvania) объявил о том, что будет преподавать "Основы фармакологии" (Fundamentals of Pharmacology) через Coursera, я сразу на него записался. Ниже я постараюсь подробно описать как проходил курс.

Патентам на гены быть!

Не знаю как для вас, но для меня тот факт, что гены человека можно патентовать было весьма неприятным открытием. С одной стороны, с точки зрения обывателя это противоречит букве патентного законодательства, которое гласит, что нельзя патентовать объекты, существующие в природе. Но факт остается фактом, в течение последних лет фармакологические и биотехнологические компании успешно запатентовали около 20% всех описанных генов человека.

Понятно, что наиболее интересными в финансовом плане являются гены, связанные с распространенными заболеваниями. Так например, Myriad Genetics запатентовала гены BRCA1 и BRCA2, мутации в которых часто связывают с повышенной вероятностью возникновения рака груди. Способность выявления изменений в BRAC1/2 легло в основу диагностического продукта BRACAnalysis. К середине 2000-х сразу несколько компаний-конкурентов предлагало подобные тест-системы, и им были разосланы предложения заплатить за лицензирование BRAC.
На протяжение последних лет  сразу несколько компаний и общественных организаций пытались оспорить правомерность выдачи Myriad патентов на гены человека. В ходе последнего разбирательства в августе 2012 в очередной раз голосованием 2-1 было решено, что Myriad имеет полное право на выданные ей патенты. В своем решении судья Элан Лоури (Alan Lourie) написал, что "каждая из рассматриваемых молекул представляет собой субстанцию, которая не представлена в природе"  (“Each of the claimed molecules represents a nonnaturally occurring composition of matter.”)

• 
  

Ссылки по теме:

Господин не владеет собой (Гены всех людей оказались запатентованы)

Myriad Genetics BRCA1 and BRCA2 patents upheld in court