Как я вспоминал статистику с Coursera

Начну с того, что статистику и её сестру биометрию я проходил (именно проходил) очень давно. С тех пор я успеил основательно забыть даже то, чему меня в свое время научили. В повседневной практике всем достаточно старого доброго t-теста Стьюдента, но времена, похоже, меняются и биологу в скором времени (да, и сейчас) тоже неплохо разбираться в статистическом анализе. В этом плане мне показалось, что курс Statistics One с профессором Andrew Conway из Принстонского университета пришелся как нельзя кстати.

История Нобелевского лауреата Синья Яманака и фаворитизм научных изданий в пользу американских авторов.

Джон Гердон и Синья Яманака. Фото: ИТАР-ТАСС, АР

После получения Нобелевской премии имя профессора Яманака снова попало на страницы всех научных и новостных изданий, но в основном это описание его успехов в области стволовых клеток. Но есть одна сторона истории, о которой предпочитают умалчивать. 

В 2010 году New Scientist (The Stem Cells Wars, pdf) проанализировал более 200 публикаций в области стволовых клеток, датированных позднее 2006 года, и пришел к выводу, что известные научные издания "покровительствуют" американским ученым. Среди прочих приведен пример работы Яманака, публикация котораой была отложена редакцией Nature на 295(!) дней. И в последствие была опубликована одновременно с работами американских исследователей.

“All's fair in love and war, they say, but science is supposed to obey more noble ideals. New findings are submitted for publication, the studies are farmed out to experts for objective 'peer review' and the best research appears promptly in the most prestigious journals. 

“Some stem cell biologists are crying foul, however. Last year(2009), 14 researchers in this notoriously competitive field wrote to leading journals complaining of "unreasonable or obstructive reviews". The result, they claimed, is that 'publication of truly original findings may be delayed or rejected.' 

“Triggered by this protest, New Scientist scrutinised the dynamics of publication in the most exciting and competitive area of stem cell research, in which cells are 'reprogrammed' to acquire the versatility of those of an early-stage embryo. In this fast-moving field, where a Nobel prize is arguably at stake, biologists are racing feverishly to publish their findings in top journals. 

“Our analysis of more than 200 research papers from 2006 onwards reveals that US-based scientists are enjoying a significant advantage, getting their papers published faster and in more prominent journals (find our data, methods and analyses here). 

“More mysterious, given his standing in the field, is why two of Yamanaka's papers were among the 10 with the longest lags. In the most delayed of all, Yamanaka reported that the tumour-suppressing gene p53 inhibits the formation of iPS cells. The paper took 295 days to be accepted. It was eventually published by Nature in August 2009 alongside four similar studies. 'Yamanaka's paper was submitted months before any of the others,' complains Austin Smith at the University of Cambridge, UK, who coordinated the letter sent to leading journals. 

“Yamanaka suggests that editors may be less excited by papers from non-US scientists, but may change their minds when they receive similar work from leading labs in the US. In this case, Hochedlinger submitted a paper similar to Yamanaka's, but nearly six months after him. Ritu Dhand, Nature's chief biology editor, says that each paper is assessed on its own merits. Hochedlinger says he was unaware of Yamanaka's research on p53 before publication.”

По материалам  California Stem Cell Report

Серия подкастов по иммуногенетике.

По следам конференции по иммуногеномике (Nature Immunogenomics), проходившей в Нантсвиле, штат Алабама на прошлой неделе, университет Алабамы-Бирмингем запустил серию подкастов по этой теме. 

На прошлой неделе вышел подкаст с  директором центра клинической иммунологии и ревматологии Университета Алабамы-Бирмингем Луи Бриджесом (S. Louis Bridges). На этой неделе в пятницу выйдет интервью с человеком, стоявшим у истоков иммуногенетики Стивеном Куейком  (Stephen Quake).

1 неделя - Луи Бриджес (S. Louis Bridges), директор центра клинической иммунологии и ревматологии Университета Алабамы-Бирмингем

2 неделя -  Стивен Куейк (Stephen Quake), профессор факультета биоинженерии в Стэнфордском университете

3 неделя -  Кейси Уивер  (Casey Weaver), профессор факультета патологии  Университета Алабамы-Бирмингем

4 неделя -  Роберт Плендж (Robert Plenge), профессор Гарвардского Университета, директор подразделения генетики и геномики в отделении ревматологии, иммунологии и аллергии в  Brigham and Women’s Hospital.